Istoricul Memorialului Ipotești coincide până la un punct cu istoricul casei de pe moșia Ipotești cumpărată de Gheorghe Eminovici, în 1847, de la Eufrosinia Petrino (Hurmuzachi).
Pe o temelie veche (a cărei existență este cosemnată pe la 1789), Gheorghe Eminovici construiește o casă nouă, în care își aduce familia în 1853.
În 1878, Gheorghe Eminovici este nevoit să vândă Ipoteştii pentru a-şi plăti datoriile, dar rămâne pe moșie ca administrator al noului proprietar până în 1884, anul morţii sale.
În 1924, casa, nelocuită de ani de zile, ajunsese o ruină. Cu toate că prima inițiativă a renovării casei și a deschiderii unui muzeu „Eminescu” apare în 1919, de abia în 1934, pe locul casei demolate între timp, este construită o nouă casă, în care este inaugurat, în 1940, primul muzeu memorial.
Întrucât s-a considerat că nu respecta structura originalului, casa-muzeu este dărâmată, iar, pe fundația originală, a fost reconstruită casa, în care funcționează, din 1979, actualul muzeu, inițial – în componența Muzeului Județean Botoșani.
Prin decizia nr. 61 a Prefecturii Județului Botoșani (în baza solicitării din 14 februarie a Inspectoratului pentru Cultură Botoșani) și Casa Papadopol, cu suprafața de 1272 ha teren aferent construcției, trece în administrarea Muzeului Județean Botoșani, în vederea constituirii secției „Eminescu și folclorul” în cadrul Complexului Muzeal „Mihai Eminescu” din Ipotești.
Începând cu data de 15 iunie 1991, când, prin decizia nr. 237 din 21 iunie 1991 a Prefecturii Județului Botoșani, prin separare de Muzeul Județean, Memorialul Ipotești obține personalitate juridică, funcționând în subordinea Prefecturii. Inițiativa a aparținut Inspectoratului pentru Cultură Botoșani (referat nr. 255 din 14 mai 1991).
Cu denumirea actuală –Memorialul Ipotești – Centrul Național de Studii „Mihai Eminescu” – și cu statutul de instituție de interes național, Memorialul Ipotești funcționează, începând cu 1 aprilie 1992, în subordinea Ministerului Culturii, prin preluarea – pe bază de protocol – de la Prefectura Județului Botoșani a Memorialului „Mihai Eminescu” – Ipotești (Hotărârea Guvernului României, datată 17 aprilie 1992, București, nr. 188).
Din data organizării Memorialului Ipotești – Centrul Național de Studii „Mihai Eminescu”, și Casa Papadopol intră în administrarea instituției nou înființate. În același an, Biserica Sfinții Arhangheli Mihail și Gavriil – biserica familiei Eminovici – a trecut, pe bază de protocol, în administrarea Memorialului Ipotești.
Pe 15 ianuarie 2000, în spațiul Memorialului a fost inaugurată Biblioteca Naţională de Poezie „Mihai Eminescu” și Muzeul Mihai Eminescu.
Din 24 octombrie 2003, Memorialul Ipoteşti – Centrul Naţional de Studii „Mihai Eminescu”, instituție de interes național, funcționează sub autoritatea Consiliului Județean Botoșani.
În 2006, au fost date în exploatare vilele de cazare din spațiul Memorialului, iar din 2014, în administrarea Memorialului Ipotești intră și Lacul cu nuferi.
Memorialul Ipoteşti – Centrul Naţional de Studii „Mihai Eminescu” a obținut acreditarea în 1919 – Ordinul Ministerului Culturii nr. 3207/10.12.2019, iar în 2025 – reacreditarea – Ordinul Ministerului Culturii nr. 2728/26.03.2025.
